Родился 9 апреля 1959 года в посёлке Транспортный Магаданской области. В 1981 году окончил Красноярское театральное училище (мастерская Н. Басина), получив специальность "актёр драматического театра и кино". В 1987-1990 годах Владимир Зайкин учился на сценарном факультете ВГИКа, в мастерской Р. Ибрагимбекова и А. Александрова. Творческий путь в кино начинал как автор сценариев - написал сценарии к ряду фильмов: "Экстренный педсовет" (1990), "Система Ниппель" (1990), "Муж собаки Баскервилей" (1990), "Болотная street, или Средство против секса" (1991), "Шкура" (1995). Также выступал автором сюжетов для киножурнала "Ералаш". В 1994 году Владимир Зайкин дебютировал как режиссёр кино, поставив по своему сценарию комедию "На кого Бог пошлёт"